Das sind mehrere Fragen auf einmal.
Die zweite x-Achse kann man hier mit geeigneter Platzierung von `extra ticks` umsetzen.
Gewünschte Wiederholung der Achsenbeschriftung kann man mit `tick labels` umsetzen.
Ich habe mal einen `table` plot daraus gemacht, das ist kein Muss, aber vll. übersichtlicher.
[![alt text][1]][1]
\RequirePackage{filecontents}
\begin{filecontents}{\jobname.dat}
x y1 y2 y3 y4
1 10 -1 -1 -1
1 21 -1 -1 -1
1 28 -1 -1 -1
1 45 -1 -1 -1
2 -1 12 -1 -1
2 -1 56 -1 -1
2 -1 66 -1 -1
2 -1 148 -1 -1
3 -1 -1 10 -1
3 -1 -1 20 -1
3 -1 -1 30 -1
3 -1 -1 40 -1
4 -1 -1 -1 50
4 -1 -1 -1 60
4 -1 -1 -1 70
4 -1 -1 -1 80
\end{filecontents}
\documentclass[margin=5mm, tikz]{standalone}
%\documentclass[chapterprefix=true, 12pt, a4paper, oneside, parskip=half, listof=totoc, bibliography=totoc,numbers=noendperiod]{scrbook}
\usepackage{pgfplots}
\usepackage{tikz}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[x=13mm, % Maßstab
height=7.9cm, width=7.9cm, grid=major,
% xlabel={$v_{f}$ [$\frac{mm}{min}$]},
% ylabel={$b_{f}$ [$\mu$m]},
% xmin=0, %xmax=20000,
ymin=0, ymax=160,
xtick={1,2,3,4},
xticklabels={1000,20000,1000,20000},
scaled ticks=false,
/pgf/number format/.cd,
use comma,
1000 sep={},
ytick={0,20,40,60,80,100,120,140,160},
% legend style={at={(1,1)},xshift=0.2cm,anchor=north west,nodes=right}
%
% Zweite x-Achse
extra x ticks={1.5,2.5,3.5},
extra x tick labels={A, B,C},
extra x tick style={%
grid=none,
tick style={draw=none},
tick label style={yshift=-5mm}
},%
%
% Gemeinsame Eigenschaften der Plots
every axis plot post/.append style={
only marks, mark=square*
},
% Gemeinsame Eigenschaften der table plots
table/header=true,
table/x index=0,
]
\addplot [only marks, mark=square*,red] table[header=true, x index=0, y \addplot[red] table[y index=1] {\jobname.dat};
\addplot [only marks, mark=square*,blue] table[header=true, x index=0, y \addplot[blue] table[y index=2] {\jobname.dat};
\addplot [only marks, mark=square*,red] table[header=true, x index=0, y \addplot[red] table[y index=3] {\jobname.dat};
\addplot [only marks, mark=square*,blue] table[header=true, x index=0, y \addplot[blue] table[y index=4] {\jobname.dat};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
[1]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/55555555_192.png
