Da die Kombination von einem `\dot` über der gesamten Klammer und einem weiteren innerhalb der Klammer nicht zu funktionieren scheint, wenn `amsmath` geladen wird, könnte man als Alternative für den äußeren Punkt `\overset` nutzen. Damit Größe und Position des Punktes stimmen, wird dabei `\displaystyle\ldotp` als erstes Argument verwendet:
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{amsmath}
\begin{document}
\begin{equation}
\overset{
\displaystyle\ldotp
}{
\left(\frac{\partial L}{\partial \dot\varphi}\right)
}
-\frac{\partial L}{\partial \varphi}=0
\end{equation}
\end{document}
![alt text][1]
Das der Punkt über dem gesamten Ausdruck nicht eindeutig ist und für Verwirrung sorgen kann, sieht man schon hier in diesem Thread. Deshalb wäre es auch aus meiner Sicht sinnvoller, die von @cis erwähnte übliche Schreibweise zu verwenden:
![alt text][2]
Code:
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{amsmath}
\newcommand{\diff}{\mathop{}\!\mathrm{d}}
\usepackage[T1]{fontenc}
\begin{document}
\begin{equation}
\frac{\diff}{\diff t}
\left(\frac{\partial L}{\partial \dot{\varphi}}\right)
-\frac{\partial L}{\partial \varphi}=0
\end{equation}
\end{document}
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/doteq.pnghttp://texwelt.de/wissen/upfiles/doteq.png
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/dnachdt_1.PNG
