Der Tipp von @Mico ist m.E. die vorläufige Antwort auf die Frage (weitere Tipps sind weiter natürlich willkommen): > Bist Du auf XeLaTeX angewiesen, oder könntest Du auf LuaLaTeX umwechseln? Wenn ich Dein MWE mit LuaLaTeX kompiliere (ersetze xltxtra mit fontspec) und in Acrobat öffne, habe ich überhaupt keine Probleme mit Ligaturen, Ziffern, oder Kapitälchen. Für mich folgt daraus, 1. dass LuaLaTeX für digitales Publizieren mit Ligaturen der XeLaTeX-Kompilation überlegen ist (und ich umsteigen werde), 2. dass bislang auf Mediävalziffern und Kapitälchen möglichst verzichtet werden sollte, wenn es ein online suchbares Dokument ist, 3. dass es eine Herausforderung bleibt, Drucktypographie und Onlineformate zusammenzubringen.

Der Tipp von @Mico ist m.E. die vorläufige Antwort auf die Frage (weitere Tipps sind weiter willkommen): > Bist Du auf XeLaTeX angewiesen, oder könntest Du auf LuaLaTeX umwechseln? Wenn ich Dein MWE mit LuaLaTeX kompiliere (ersetze xltxtra mit fontspec) und in Acrobat öffne, habe ich überhaupt keine Probleme mit Ligaturen, Ziffern, oder Kapitälchen. Für mich folgt daraus, 1. dass LuaLaTeX für digitales Publizieren mit Ligaturen der XeLaTeX-Kompilation überlegen ist (und ich umsteigen werde), 2. dass bislang auf Mediävalziffern und Kapitälchen möglichst verzichtet werden sollte, wenn es ein online suchbares Dokument ist, 3. dass es eine Herausforderung bleibt, Drucktypographie und Onlineformate zusammenzubringen.