`\include` und `\input` haben sehr unterschiedliche Aufgaben!
`\input{file}` lädt die Datei an Ort und Stelle in die Ziel_Datei Ziel-Datei und ist äquivalent als ob man den Text in `file` direkt in die Ziel-Datei geschrieben hätte. `\input` kann letztlich überall für jede Art Detai Datei verwendet werden und kann auch verschachtelt angewendet werden, d.h. eine eingebundene Datei kann ihrerseits Dateien mit `\input` einbinden.
`\include{file}` hingegen führt zunächst einmal ein `\clearpage` aus bevor es `\input{file}` ausführt. Im Gegensatz zu `\input` kann eine Datei, die mit `\include` eingebunden wird, _kein_ weiteres `\include` enthalten, es ist also keine verschachtelte Anwendung möglich. Eine mit `\include` eingebundene Datei kann aber natürlich `\input` enthalten. `\include` erzeugt eine neue `aux`-Datei für die eingebundene Datei. Das erlaubt es beispielsweise, ein Dokument in mehrere logische Einheiten zu zerlegen (etwa einzelne Kapitel), die jede einer Datei entsprechen, die mit `\include` in die Hauptdatei eingebunden wird. `\includeonly{file1,file3}` würde dann erlauben, nur gerade bearbeitete Dateien für die Kompilation einzubinden und durch die separaten `aux`-Dateien dennoch korrekte Seitenzahlen und Querverweise zu erhalten. Es gibt auch das [`excludeonly`][1] Paket, dessen Befehl `\excludeonly` das gegensätzliche Verhalten bietet.
[1]: http://www.ctan.org/pkg/excludeonly
