Man kann auch `\mathmakebox[0pt][l]{...}` `\mathrlap` aus dem `mathtools` Paket für die erste Zeile nutzen und gleichzeitig wie von @Qrrbrbirlbel vorgeschlagen `\clap` testen.
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{mathtools} % lädt auch amsmath
\begin{document}
\begin{alignat*}{2}
M&=\mathmakebox[0pt][l]{|M_1 M&=\mathrlap{|M_1 \cup M_2 \cup M_3 \cup \ldots \cup M_r|}\\
&=\sum_{\mathclap{1 \leq i \leq r}}|M_i|&&-\sum_{\mathclap{1 \leq i_1<i_2\leq r}}|M_{i_1}
\cap M_{i_2}|\\
&&&+ \sum_{\mathclap{1 \leq i_1 < i_2 <i_3\leq r}} |M_{i_1} \cap M_{i_2} \cap M_{i_3}|\\
&&&- \sum_{\mathclap{1 \leq i_1 < i_2 <i_3<i_4\leq r}} |M_{i_1} \cap M_{i_2}
\cap M_{i_3} \cap M_{i_4}|\\
&&&\pm \ldots \mp (-1)^{r-1}|M_{i_1} \cap M_{i_2} \cap \ldots \cap M_{r}|
\end{alignat*}
\end{document}
![alt text][1]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/glausrichten.PNG
