Ich empfehle für die Subfiguren Gebilde mit Koordinaten zu verwenden. <br> Da sich TikZ-Matrizen scheints nicht in andere TikZ-Matrizen nesten lassen, muss man sich sowas selbst erstellen:
    \newcommand{\mysubfigure}[1]{%%%%
    \node{}; % Will er unbedingt
    \foreach \y in {1,...,\Rows} 
    \foreach \x in {1,...,\Cols} 
    \node[draw,  
    fill=lightgray, font=\tiny, %thin, 
    xshift=\x*\width cm, cm-1cm, yshift=-\y*\height cm+1cm,   % verbessert²
    minimum width=\width cm, minimum height=\height cm] (#1-\y-\x) {
    \ifnum\BeschriftungAnzeigen=1 #1:\y,\x \else\fi};
    }%%%%
Damit sind die Pfeile dann kein Problem <br>`\draw[Pfeil] (I-1-3) -- (J-1-1);
\draw[Pfeil] (E-1-3.east) -- ([xshift=1em]E-1-3.east) -- ([xshift=-1em]B-1-1.west) -- (B-1-1.west);` <br>
usw.
[![alt text][1]][2]
Mit der Einstellung `\def\BeschriftungAnzeigen{0}`
[![alt text][3]][3]
**(Bilder hochladen geht hier nicht, also als googledrive-Link. Ob das so gedacht ist? Vermutlich nicht....)**
    \documentclass[tikz]{standalone}
    \usetikzlibrary{matrix}
    
    \begin{document}
    \pgfmathtruncatemacro\Rows{4} % Number of lines
    \pgfmathtruncatemacro\Cols{3} % Number of columns
    \def\height {1.0} %height
    \def\width {1.0} %width
    \def\BeschriftungAnzeigen{1} % 1   0
    
    \newcommand{\mysubfigure}[1]{%%%%
    \node{}; % Will er unbedingt
    \foreach \y in {1,...,\Rows} 
    \foreach \x in {1,...,\Cols} 
    \node[draw,  
    fill=lightgray, font=\tiny, %thin, 
    xshift=\x*\width cm, yshift=-\y*\height cm, 
    minimum width=\width cm, minimum height=\height cm] (#1-\y-\x) {
    \ifnum\BeschriftungAnzeigen=1 #1:\y,\x \else\fi};
    }%%%%
    
    \begin{tikzpicture}
    \matrix [matrix of nodes, nodes in empty cells, 
    %ampersand replacement=\&, 
    column sep=1cm,row sep=1cm] (ae) {
    \mysubfigure{A} & \mysubfigure{B} & \mysubfigure{C} & \mysubfigure{D} \\ 
    \mysubfigure{E} & \mysubfigure{F} & \mysubfigure{G} & \mysubfigure{H} \\ 
    \mysubfigure{I} & \mysubfigure{J} & \mysubfigure{K} & \mysubfigure{L} \\ 
    %\myfigure & \myfigure & \myfigure & \myfigure & \\
    };
    
    % Pfeile
    \tikzset{Pfeil/.style={->, rounded corners, thick}}
    
    \draw[Pfeil] (A-1-3.east) -- ([xshift=1em]A-1-3.east) -- ([xshift=-1em]F-1-1.west) -- (F-1-1.west); 
    
    \draw[Pfeil] (E-1-3.east) -- ([xshift=1em]E-1-3.east) -- ([xshift=-1em]B-1-1.west) -- (B-1-1.west); 
    
    \draw[Pfeil] (I-1-3) -- (J-1-1);
    
    \draw[Pfeil] (J-1-3.east) -- ([xshift=1em]J-1-3.east) -- ([xshift=-1em]G-1-1.west) -- (G-1-1.west); 
    
    \draw[Pfeil] (K-1-3.east) -- ([xshift=1em]K-1-3.east) -- ([xshift=-1em]D-1-1.west) -- (D-1-1.west); 
    
    % .... 
    \end{tikzpicture}
    
    \end{document}
  [1]:  https://drive.google.com/uc?id=1qbLnhUgcyL97E1jYhtGIbMR4ZR-UE7RS
  [2]:  https://drive.google.com/uc?id=1qbLnhUgcyL97E1jYhtGIbMR4ZR-UE7RS
  [3]: https://drive.google.com/uc?id=1IwccMnzZjgEwebeiibAVFEnebVzu9_k6