Du definierst erst den Eintrag mit `\DeclareTOCStyleEntry` und dann definierst Du mit `\DecareNewTOC` das Verzeichnis, wobei der Eintrag erneut im Default-Stil definiert wird. Entweder vertauschst Du die Anweisungen oder nimmst die Einstellungen für den Eintrag einfach direkt bei `\DeclareNewTOC` vor:
\documentclass[noonelinecaption]{scrartcl}
\documentclass[captions=nooneline]{scrartcl}
\usepackage[ngerman]{babel}
\newcommand*{\PrefixBy}[2]{#1~#2}
\DeclareNewTOC[
type=anlage, % Name der Umgebung
types=anlagen, % Erweiterung (\listofschemes)
float, % soll gleiten
floatpos=tbp, % voreingestellte Gleitparameter
name=Anlage, % Name in Überschriften
listname={Anlagenverzeichnis}, % Listenname
tocentrystyle=tocline, % Stil des Verzeichniseintrags
toclevel=1, % Eintragsebene
tocindent=0pt, % Eintragseinzug
tocnumwidth=5cm, % Nummernbreite des Eintrags
tocentrynumberformat=\PrefixBy{Anlage}, % Formatierung der Nummer
]{los}
\begin{document}
\listofanlagen
\begin{anlage}
\caption{Eine Beispielbeschriftung}
\end{anlage}
\end{document}
Gleitende Anlagen finde ich übrigens etwas seltsam. Es ist auch wenig sinnvoll als Default-Gleitparameter `tbp` anzugeben und dann bei der Gleitumgebung doch wieder `[h]` zu setzen. Wie ich gerade sehe, hat darauf auch schon @Johannes in einem Kommentar hingewiesen.
